Algunos cultivares de pepino son partenocárpicos, cuyas flores crean frutos sin semillas sin polinización, lo que degrada la calidad de estos cultivares. En los Estados Unidos, éstos se cultivan generalmente en invernaderos, donde se excluyen las abejas. En Europa, se cultivan al aire libre en algunas regiones, donde las abejas también están excluidas.

Sin embargo, la mayoría de los cultivares de pepino tienen semillas y requieren polinización. Con este fin, miles de colmenas de miel son llevadas anualmente a los campos de pepino justo antes de florecer. Los pepinos también pueden ser polinizados por medio de los abejorros y otras especies de abejas. La mayoría de los pepinos que requieren polinización son autoincompatibles, por lo que necesitan el polen de otra planta para formar semillas y frutos.
Existen algunos cultivares autocompatibles que están relacionados con el cultivar "Limón". Los síntomas de una polinización inadecuada incluyen el aborto del fruto y la deformación del mismo. Las flores parcialmente polinizadas pueden desarrollar frutos que son verdes y se desarrollan normalmente cerca del extremo del tallo, pero son de color amarillo pálido y se marchitan en el extremo de la flor.
Los cultivos tradicionales producen primero flores masculinas y luego femeninas, en cantidades aproximadamente equivalentes. Los nuevos cultivares híbridos ginecológicos producen casi todas las flores femeninas. Pueden tener un cultivar polinizador interplantado, y el número de colmenas por unidad de superficie se incrementa, pero los cambios de temperatura inducen flores masculinas incluso en estas plantas, lo que puede ser suficiente para que se produzca la polinización.